O Campus São Francisco do Sul teve seu funcionamento autorizado pela Resolução Ad Referendum nº 6/2011, do Conselho Superior, em 28/02/2011. Iniciou como campus avançado, vinculado administrativamente ao Campus Araquari, e ganhou autonomia em 23 de abril de 2013, com a Portaria MEC nº 330/2013. As atividades de ensino tiveram início em março de 2010, com o Curso Técnico em Informática para Internet, na modalidade subsequente, realizado em uma sala de aula cedida pela Escola Municipal Franklin de Oliveira, no bairro Reta.
No início de 2012, a Prefeitura Municipal efetivou a doação de um terreno de 40.128 m², no k
m 6 da Rodovia Duque de Caxias, no bairro Iperoba. As obras iniciaram ainda em 2012, com levantamentos topográficos, e o término da construção se deu em 2014.
Foram investidos na época, R$ 8.050.706,68 na construção do campus, totalizando 5.577,39 m² de área construída. Assim, desde fevereiro de 2015 o Campus conta com uma sede própria e, atualmente, a população de São Francisco do Sul e região tem a sua disposição os cursos Técnicos Integrados ao Ensino Médio em Administração, Guia de Turismo e Automação Industrial; na modalidade Subsequente ao Ensino Médio, o curso Técnico em Administração; os cursos de Graduação em Engenharia Elétrica e Superior de Tecnologia em Logística; e, iniciando em 2023, o curso de Pós-Graduação Lato Sensu em Gestão e Negócios. Além disso, há o Programa Nacional de Integração da Educação Profissional com a Educação Básica na Modalidade de Educação de Jovens e Adultos (PROEJA).